Wbrew pozorom nie wszystkie zdarzenia gospodarcze dotyczące danej firmy należy ujmować w KPiR. W podatkowej księdze przychodów i rozchodów dokonuje się zapisu tylko tych zdarzeń, które powodują konsekwencję na gruncie podatku dochodowego.

Jest kilka rodzajów operacji gospodarczych, które nie podlegają ewidencji w KPiR. Do tych operacji zalicza się między innymi:

• Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów, materiałów czy wykonania usługi. Nie stanowi to przychodu podlegającego opodatkowaniu, więc nie może zostać zarejestrowane w księdze.
• Zapłata zaliczki na poczet dostawy towarów, materiałów i świadczenia usług również nie podlega ewidencji w KPiR, gdyż nie stanowi kosztów uzyskania przychodów.
• Koszty poniesione na inwestycje, która jest w trakcie inwestycji. Rozpoczęcie inwestycji w wyniku której ma powstać środek trwały o wartości przekraczającej 3 500 złotych nie podlega wpisowi w KPiR. Wpisów dokonuje dopiero po przyjęciu inwestycji, za pomocą odpisów amortyzacyjnych.
• Obrót opakowaniami zwrotnymi, które również nie stanowią przychodu, gdyż są wydawane podatnikowi za kaucją – nie są jego własnością.
• Otrzymanie je jednorazowej pomocy na rozpoczęcie działalności gospodarczej.