Prowadzeniem KPiR może zajmować się zarówno sam przedsiębiorca, jak i biuro rachunkowe. Różnice te mają wpływ na pewne zasady, dotyczące prowadzenia księgowości w ten sposób.  Sposób ewidencji księgowej nie zmienia się w przypadku prowadzenia KPiR przez biura rachunkowe. Ciągle obowiązuje zasada, że zapisy w księdze muszą być dokonywane na podstawie odpowiednich dowodów księgowych, chronologicznie i systematycznie.  

Różnicą w prowadzeniu KPiR przez biuro rachunkowe jest prawo stanowiące, że zapisów w księdze za dany miesiąc należy dokonać do 20 dnia miesiąca następującego. Tak więc przedsiębiorca zlecający prowadzenie KPiR biuru rachunkowemu musi dostarczyć mu pełną dokumentację do 20 dnia miesiąca następującego.

Kolejną różnicę w zakresie prowadzenia księgi przychodów i rozchodów przez biuro rachunkowe dostrzega się w terminie sporządzenia wydruków zapisów dokonanych w księdze. Biuro rachunkowe musi wywiązać się z tego obowiązku do końca 20 dnia miesiąca za miesiąc poprzedni. Natomiast przedsiębiorca prowadzący samodzielnie księgowość musi to wykonać pod koniec danego miesiąca.